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조직구성은 원장이 있고 원장의 직속 기관으로 감사(비상임)과 감사직속기관인 감사실이 있고, 아래로는 연구 부원장, 경영 부원장이 있다. 연구부원장의 아래로는 경제전략연구본부, 해양연구본부, 수산연구본부, 해운연구본부, 항만연구본부, 물류·해사산업연구본부, 수산정책사업본부, 어촌연구부가 있다. 경영부원장의 아래로는 기획조정본부, 경영지원본부, 대외협력사업부가 있다. 원장 감사 연구 부원장 경영 부원장 경제전략연구본부 해양연구본부 수산연구본부 해운연구본부 항만연구본부 물류해사산업연구본부 수산정책사업본부 어촌연구부 기획조정본부 경영지원본부 대외협력사업부 규정관리위원회 연구심의위원회 연구윤리위원회 다자간협정지원단 해운진흥지원단 지역협력지원단 ESG경영지원단 해양수산규제분석지원단 해양도시연구그룹 해양조사정보연구그룹 해양전략연구그룹 씨푸드테크연구그룹 입체항만연구그룹 해양교통정책연구그룹 사산물수급DB연구그룹 스마트어촌전환연구그룹
  • 2021 해양수산 뉴딜전략 총괄지원단
  • 어촌 신활력 추진단
  • KMI 글로벌협력 추진단
  • 산학연협력연구단
  • 원장
  • 감사(비상)
  • 감사실
  • 연구 부원장
  • 경영 부원장
  • 종합정책연구본부
  • 해양연구본부
  • 수산연구본부
  • 해운·물류연구본부
  • 항만연구본부
  • 수산정책사업본부
  • 경제전망연구부
  • 기획조정본부
  • 경영지원본부
  • 대외협력사업부
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